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目前对寨卡病毒病的并发症了解甚少。2015年巴西寨卡病毒病流行期间，观察到新生儿小头畸形数量明显上升，提示与寨卡病毒感染存在关联。另外，在2013-2014年法属波利尼西亚发生寨卡病毒病和登革热混合疫情后，当地发现格林-巴利综合征（一种多发性神经根炎）出现异常上升，2015年巴西寨卡病毒病疫情期间也观察到格林-巴利综合征的上升。寨卡病毒与小头畸形、格林-巴列综合征之间是否存在确切的病因关系有待进一步研究。
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