根据临床表现一般不难诊断，但需与以下疾病鉴别：
1.手足口病
（1）病原体两者均为肠道病毒感染引起，疱疹性咽峡炎为柯萨奇A组病毒，手足口病以柯萨奇A组16型、肠道病毒71型（EV71）多见，重症手足口病多由EV71感染引起。
（2）诊断仅于口腔咽腭部位、悬雍垂的黏膜上或口腔其他部位出现疱疹，诊断为疱疹性咽峡炎，如手、足、口、臀、膝关节、肘关节等部位出现斑丘疹、疱疹，诊断手足口病。疱疹性咽峡炎与手足口病均可以伴发热或不伴发热。部分手足口病患儿口腔未见疱疹，也可以先于口腔部位出现疱疹，之后再出现手、足、臀、膝关节、肘关节等部位的皮疹。

2.疱疹性口腔炎
为单纯疱疹病毒Ⅰ型感染所致。多见于1～3岁小儿，发病无明显季节差异，呈现更大的，持续更久的溃疡。疱疹性咽峡炎疱疹主要发生在咽部和软腭，有时见于舌但不累及齿龈和颊黏膜，此点与疱疹性口腔炎迥异。

3.复发性口疮和Bednar口疮
很少发生于咽部，而且一般无全身症状。